岡島緑郎は旭日重工の会社員。重要なディスクを、ボルネオ支社まで船で運ぶ役目を担っている。だがその途中、｢ブラック･ラグーン｣と名乗る４人組に襲われ、緑郎は人質に取られてしまった。ブラック･ラグーンは、クライアントからの注文を忠実にこなす裏社会の運び屋だ。旭日重工は、東南アジアへの非合法ルートを使って密貿易をしていて、クライアントは、自分たちもそれに一枚噛ませろと要求しているのだった。旭日重工は機密を守るため、ディスクも緑郎も海の藻屑にしてしまおうと、ブラック･ラグーンの乗る船に攻撃を始める…。