「捕食者・巨人」VS.「餌・人類」。絶望の戦いが始まる!!　――大巨人の出現により壁が崩壊し、無数の巨人が壁の中に侵入する。ミカサは次々に巨人を倒すがエレンの死の知らせに動揺し、危機に陥ってしまう。そこへ巨人を襲う謎の巨人が登場し、ミカサの窮地を救う。だが、食べられたはずのエレンが謎の巨人の中から発見されたことによって、兵団員の内部に恐怖と疑念が生じて……!?　エレンと謎の巨人を結びつける秘密とは？