エレンの生家に眠る「巨人の謎」を求め、壁外調査に乗り出した調査兵団。その前に知性を持った「女型の巨人」が現れた。兵団壊滅の危機に陥りながらも「女型の巨人」を捕らえたエルヴィンは、女型の正体に迫る……。